Фамилия Жердаев образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени через притяжательный суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих согласных). Основа — Жердай. Это имя или прозвище, скорее всего, тюркского происхождения, что типично для южнорусских, волжских и сибирских фамилий, возникших в зоне контакта славян с тюркскими народами.

Наиболее правдоподобная версия связывает Жердай с тюркским словом «жердей» или «жардай» — «помощник», «спутник», «товарищ». В тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) это слово могло стать личным именем-пожеланием: родители называли сына Жердаем, надеясь, что он будет верным другом и опорой. В русской среде такое имя легко превращалось в прозвище, а затем и в фамилию: сын Жердая — Жердаев.

Существует и менее вероятная, но возможная версия — от диалектного русского слова «жердей» (шест, жердь). В этом случае прозвище Жердай могли дать высокому и худому человеку. Однако против этой гипотезы говорит то, что в русской ономастике прозвища от слова «жердь» обычно давали форму Жердев или Жердяев, а не Жердаев. Фонетика фамилии указывает именно на тюркский источник.

Географически фамилия Жердаев встречается преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где веками жили бок о бок русские и тюркские народы. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, воспринявшими тюркское имя от соседей или предков-тюрков, принявших православие. В дореволюционных списках эта фамилия не была дворянской и не относилась к духовенству — это типичная фамилия простонародья.

Не стоит путать Жердаева с однокоренной, но самостоятельной фамилией Жердев — она происходит от другого, чисто славянского корня. Жердаев же хранит след межэтнического общения, когда личное имя «помощник» стало родовым именем семьи.