Фамилия Жернякова — женская форма фамилии Жерняков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем предка. В основе лежит слово «жерняк» или диалектное «жерник». Чаще всего так называли мельника, работавшего на жерновах, или мастера по изготовлению самих жерновов. В русских говорах слово «жерняк» означало именно мельничный камень, а «жернов» — более распространённый вариант. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был либо владельцем мельницы, либо работником при ней.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на согласный добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Жерняка). Интересно, что финаль «-як» в прозвище (Жерняк) могла иметь и уменьшительно-ласкательный оттенок, но в контексте ремесла она скорее обозначала лицо по действию — человека, постоянно имеющего дело с жерновами.

Географически фамилия Жерняков (и Жернякова) встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам, где было развито мукомольное дело и водяные мельницы — например, в центральных и северных областях России. Встречается она и на Украине, где слово «жерняк» также известно, но реже. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще записаны в крестьянском сословии, что логично: мельник был фигурой заметной, но не дворянской.

Если рассматривать альтернативные версии, иногда корень связывают с диалектным «жерь» (твёрдая порода камня) или с прозвищем человека «жердяй» (высокий и худой), но это менее убедительно: суффикс -няк в русской ономастике прочно ассоциируется с предметом труда, а не с внешностью. Фамилия однокоренная с более известными Жернововым и Жернаковым, но Жернякова сохраняет более архаичную, «ремесленную» огласовку, что делает её ценной для историков быта.