Фамилия Жолнер происходит от прозвища, которое давали военному человеку. Основа здесь — слово «жолнер», а оно восходит к польскому Żołnierz, то есть «солдат». Так в исторической Польше называли военнослужащих армии. Но в русском языке у этого слова был и более узкий, специальный смысл: жолнерами именовали нижние чины, которые носили особые значки — жалонерные (или жолнерные) флаги. Эти солдаты высылались заранее, чтобы обозначить место своим подразделениям в линии построения. В дореволюционной русской армии такие значки были в каждом батальоне (чёрно-оранжево-белые с номером) и в каждой роте (разных цветов).

Однако корни слова глубже, и тут есть повод для спора. Прямой путь — через польский язык, но конечный источник может быть и немецким (от Söldner — «наёмник», связанного с денежной единицей «солид»), и французским (от jalonneur — «жалонёр», тот, кто ставит вехи). Так что предок носителя фамилии Жолнер мог быть как рядовым польской армии, так и наёмным солдатом, получавшим плату, или военным, выполнявшим роль сигнальщика-маркировщика.

Сама фамилия построена по простой модели: прозвище перешло в фамилию без добавления суффикса, что характерно для украинской и белорусской традиции, а также для фамилий, которые фиксировались в письменных источниках в форме, близкой к нарицательному слову. В русской среде такая фамилия — редкость, она отчётливо указывает на западнорусские или польские корни рода.