Фамилия Жолнеров происходит от прозвища Жолнер, и её значение стоит искать скорее в военной сфере, чем в строительной. Наиболее убедительная версия — связь с польским словом «żołnierz» (солдат). В польском языке «жолнёр» означало пехотинца, воина, и это слово проникло в русские говоры через военные контакты Речи Посполитой с Московским государством в XVI–XVII веках. Прозвище Жолнер могли дать человеку, служившему в польском войске, либо тому, кто перенял повадки или одежду польского солдата.

Версия о происхождении от строителя или землемера (через диалектное «жолнер» как «желоб» или уровень) менее обоснована: в исторических словарях такое значение не зафиксировано, а слово «жолнёр» прочно ассоциировалось именно с военным делом. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо профессиональным солдатом, либо наёмником.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий: от прозвища на согласный добавляли притяжательный суффикс, означавший «сын такого-то» или «принадлежащий ему». Таким образом, Жолнеров — буквально «сын Жолнера». Фамилия встречается в основном в западных и центральных областях России, что подтверждает её польско-литовские корни.

В отличие от фамилий на -ский (Жолнерский), которые чаще носили дворяне, форма на -ов характерна для крестьян и мещан. Это значит, что предок Жолнеровых, вероятно, был не шляхтичем, а простым солдатом или служилым человеком, получившим прозвище по роду занятий.