Фамилия Жукарев образована от прозвища или нецерковного имени Жукарь. В русских говорах «жукарь» — это крупный жук, чаще всего майский или навозный. Слово могло иметь переносное значение: так могли назвать человека черноволосого, смуглого или одетого во всё тёмное. В словаре В. Даля встречается и глагол «жукать» — жужжать, гудеть, а в рязанских и тамбовских говорах «жукарь» означало «задира, егоза» — то есть прозвище могло указывать на беспокойный, назойливый характер.

Фамилия построена по продуктивной модели на -ев от основы Жукар- (суффикс -арь указывал на деятеля или носителя признака). По происхождению это типичная «патронимическая» фамилия — отвечает на вопрос «чей сын?»: сын Жукаря. В отличие от более частых Жуков, Жуковских или Жуковичей, фамилия Жукарев встречается реже и имеет чёткую региональную привязку. Основной ареал — центральные и южные области России: Тульская, Рязанская, Липецкая, Воронежская, а также восток Украины (Харьковщина, Сумщина). В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Жукарь, но сама фамилия в документах фиксируется позже, в XVIII веке, когда у крестьян и мещан начали массово закрепляться родовые именования.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «жук» в значении «плут, хитрец» (в воровском арго XIX века). Тогда Жукарь — «ловкач, проныра». Но в крестьянской среде, где и сложилась фамилия, такое значение маловероятно. Скорее всего, прозвище было нейтральным или описательным — по внешности или поведению. Встречаются однокоренные фамилии Жукарёв (с ударением на ё) и Жукаров — последняя, возможно, из украинского или белорусского варианта (Жукар).