Фамилия Зинковский — типичный пример того, как церковное имя превратилось в фамилию через уменьшительную форму. В основе лежит имя Зиновий, которое в бытовой, неофициальной речи звучало как Зинка, Зинко. Именно от этой краткой формы и образовали фамилию с помощью суффикса -овск-, характерного для польской и западнорусской традиции. Имя Зиновий греческого происхождения, означает «богоугодно живущий» или «рождённый богом», но в повседневной жизни его носители были людьми простыми — скорее всего, крестьянами или мещанами, которых в документах записывали по отцу: «Зинковский» буквально значит «сын Зинка».

Есть и альтернативная версия, но она слабее: производная форма от женского имени Зинаида (от греческого «рождённая Зевсом»). Если бы фамилия пошла от женского имени, она бы скорее имела суффикс -ин (Зинкин), а не -овск. Поэтому версия с Зиновием выглядит убедительнее. Географически фамилия чаще встречается на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине — в тех регионах, где была распространена модель фамилий на -ский.