Фамилия Знатнин образована от прозвища Знатный, что прямо указывает на её принадлежность к широкому пласту русских фамилий, возникших из прилагательных, характеризующих человека. В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля слово «знатный» трактуется как «видный, приметный, заметный, отличительный; отличный; знаменитый, славный». Исходя из этого, прозвище мог получить человек, занимавший видное положение — богатый купец, чиновник, или просто уважаемый всеми в своей округе.

Менее убедительная версия связывает фамилию с глаголом «знать» в значении «ведать, разуметь, уметь». В этом случае Знатным могли прозвать умного, образованного или любознательного человека. Однако первое толкование, основанное на социальном статусе, выглядит исторически более весомым: прозвища такого рода чаще давались по реальному положению в обществе, чем по абстрактным качествам ума.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Знатнин — это «сын Знатного» или «человек из рода Знатных». Такая модель была особенно распространена в северных и центральных землях Руси, где фамилии на -ин образовывались от прозвищ и названий профессий, оканчивающихся на -а/-я, а также от прилагательных.

О точном месте и времени возникновения фамилии Знатнин сейчас говорить сложно — процесс закрепления фамилий в разных слоях населения растянулся на несколько столетий. Можно лишь предположить, что прозвище Знатный возникло не позднее XVI–XVII веков, когда сословные различия стали особенно заметны, а фамилия окончательно оформилась к XVIII веку. В любом случае, Знатнины — это фамилия, которая несёт в себе отпечаток социальной иерархии и уважения к предку, сумевшему выделиться среди прочих.