Фамилия Зубинин образована от прозвища или имени Зубиня. Основа здесь — «зуб», слово многозначное, поэтому и объяснений у фамилии может быть несколько. Самая прямая версия: предка прозвали Зубом или Зубиной из-за крупных, редких, крепких зубов или какой-то особенности зубов — например, щербины или сломанного зуба. В русских говорах «зубить» означало точить, заострять, делать зубцы, так что прозвище мог получить и ремесленник, работавший с зазубринами — кузнец, плотник, гребенщик.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Зубинин — сын Зубини, то есть потомок человека с таким прозвищем. Это типичная модель для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как на юге — на -ов.

Менее очевидная, но возможная версия выводит фамилию от слова «зубина» — так в некоторых диалектах называли зазубрину, выемку, щербину на инструменте или оружии. Тогда прозвище могло закрепиться за мастером, который делал зубья пил, серпов или гребней для льна. В ономастических словарях фамилия Зубинин встречается реже, чем однокоренные Зубов или Зубарев, что может говорить о её более локальном бытовании, возможно, в тверских или новгородских землях.

Интересно, что фамилия Зубинин звучит «уменьшительно» по сравнению с Зубаревым: если Зубарев — от «зубарь» (мастер по зубам или человек с большими зубами), то Зубинин — от «зубиня», что могло означать либо ласкательную форму, либо, наоборот, насмешливую. В любом случае, фамилия не из знатных — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди, чьё прозвище записали в переписных книгах XVII–XVIII веков.