Фамилия Зубынина — женская форма, мужской вариант — Зубынин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Зубыня, которое, в свою очередь, образовано от слова «зуб». В русской ономастике такие прозвища давали по характерной внешности: человеку с большими, редкими, кривыми или, наоборот, крепкими зубами. Но это лишь самый прямой вариант. Есть и другая, более глубокая версия: в древнерусских говорах «зубыня» могло означать не просто зуб, а нечто острое, зазубренное — например, часть орудия труда или рыболовной снасти. Тогда прозвище относилось к мастеру, изготавливающему такие вещи, или к человеку с цепким, «кусачим» характером.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зубынин — «сын Зубыни». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются на юге и востоке, Зубынины, скорее всего, происходят из Новгородской, Вологодской или Архангельской губерний, где «окающие» говоры сохраняли архаичные прозвищные формы.

Любопытная деталь: фамилия Зубынин не является ни дворянской, ни купеческой — она из крестьянской или посадской среды. В дореволюционных переписях её можно встретить в среде государственных крестьян и ремесленников. Прозвище Зубыня не несло негативного оттенка, скорее — описательное или профессиональное. В современных справочниках фамилия редкая, её носители — в основном в Центральной России и на Урале, что говорит о миграции из северных регионов в более поздние века.