Фамилия Зулин чаще всего образована от мусульманского женского имени Зуля (арабское «обладательница»). По этой версии, фамилия указывает на восточные корни рода — скорее всего, тюркские, уходящие в эпоху Золотой Орды, печенегов или половцев. Такие фамилии нередко закреплялись в русской среде в XV–XVII веках, когда выходцы с Востока поступали на русскую службу и получали дворянство.

Менее убедительная гипотеза связывает фамилию с немецким топонимом Зуль (город в Тюрингии, известный с 1318 года). Но эта версия слабее: суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от личного имени, и почти не встречается в фамилиях от географических названий — там обычно появляются -ский или -ов.

Сама фамилия Зулин — редкий случай, когда в основе лежит женское имя. Обычно русские фамилии на -ин образовывали от мужских прозвищ или крестильных имён (Иван → Иванов, но Иван → Иванин означает «сын Ивани»). Здесь же Зуля — женское имя, что может говорить об особом статусе матери-родоначальницы или о том, что прозвище Зуля дали мужчине-предку. В тюркской среде такое случалось, если человек был воспитан матерью-мусульманкой или носил ласкательное имя.