Фамилия Зюльковская — вариант мужской формы Зюльковский. Её основа — прозвище Зюльк. Самая вероятная версия связывает его с польским словом żółć (желчь). В буквальном смысле так называли горькую жидкость, вырабатываемую печенью. Прозвище могли дать человеку, который часто болел, — по цвету лица или по горькому нраву. Но не менее правдоподобно и переносное значение: «желчь» как раздражение, злоба. Тогда Зюльком называли сварливого, агрессивного человека, и прозвище метко описывало его характер.

Суффикс -ск- указывает на типичную модель образования польских и западнорусских фамилий. Первоначально такие фамилии (Зюльковский) указывали на принадлежность к населённому пункту или родовому поместью, но в данном случае — напрямую от прозвища, без топонимической подоплёки. Окончание -ая в женском варианте — чисто грамматическое, по типу прилагательных.

Прозвище Зюльк закрепилось как основное именование, а его потомки со временем получили фамилию Зюльковский. Так представитель рода Зюльковских носит фамилию, которая хранит память о характере или состоянии здоровья своего дальнего предка — человека, которого окружающие называли Зюльком.